焚烧秸秆产生的烟雾对人身体健康构成严重威胁。据介绍，秸秆焚烧时，大气中二氧化硫、二氧化氮和可吸入颗粒物三项污染指数将达到高峰值，其中二氧化硫的浓度比平时高出1倍，二氧化氮、可吸入颗粒物的浓度比平时高出3倍。对人的眼睛、鼻子和咽喉黏膜刺激较大，轻则造成咳嗽、胸闷、流泪，重则将导致突发支气管炎，加重肺炎等病症。
2008年，我国提出了到2015年农作物秸秆资源综合利用率超过80%的目标。目前，我国离这一预定的目标还有很大的差距，任务十分艰巨。秸秆造纸是一条重要的资源利用出路，但传统工艺产生的污染也很严重，而开发出“秸秆化机浆”无污染新技术虽已获国家专利，可一旦开发进入产业化，就面临着秸秆价格上涨的压力。
发展秸秆循环经济离不开国家政策的支持。我国应该在循环型农业上给予财政补贴。一些专家指出，应根据秸秆资源分散的特点，对一些小型利用项目，特别是一些偏远地方的小型项目，比如，用秸秆做食用菌，花钱少，不伤害环境，像这样的项目就应该获得政策支持。
